1946年5月3日，远东国际军事法庭在日本东京开庭，由此开启了具有深远历史意义的“东京审判”的序幕。80年前的那场东京审判，以如山的铁证定格了人类历史上最黑暗的侵略记忆。在庭审中，日军在中国、朝鲜半岛、东南亚等多个地区犯下的暴行被公之于世。其中，日军制造的罄竹难书的南京大屠杀成为庭审中的重要部分。
面对日方的狡辩，包括中国检察官在内的检察官团队搜集到了充分的证据，最终让日本法西斯的历史罪行得到系统性揭露和清算，铁证如山，不容翻案。
远东国际军事法庭证人 约翰·马吉：简直太可怕了，日军进入南京后杀戮立即以各种形式展开，通常是由单个日本士兵，或多达30名日本士兵一起行动，每个人都似乎掌握着生杀大权，随后很快就出现了有组织的大屠杀。
美国夏威夷大学历史学教授 户谷由麻：在东京审判中，南京大屠杀被作为一个非常重大的问题来进行审理。
总台记者 刘飞飞：我们在翻阅了东京审判的大量庭审记录后发现，法庭专门设立独立单元，来对南京大屠杀进行法庭调查，并给了被告自辩和举证的机会。日本辩护团则极力掩盖南京大屠杀的真相。被告席上的松井石根，是率领侵华日军占领南京的日军最高将领。在庭审时，他竭力推卸自己作为最高指挥官的责任，更为荒唐的是，他还在自辩时抛出了所谓的“兄弟论”。
远东国际军事法庭被告 松井石根：就像哥哥隐忍了太多不满和委屈，终于忍不住教育自己羸弱的小弟。此举是为了让中国觉醒，爱之深，责之切。
东京审判采用英美法体系，强调人证物证。日军侵华期间对其暴行明令封锁，在投降前后更是大量销毁罪证。检察官团队当庭展示在中国经过各种努力搜集到的证据，传唤多名证人，以血泪事实证明南京大屠杀的存在。其中包括美籍传教士约翰·马吉拍摄的这段视频，记录了日军在一户居民家中杀死11名无辜平民的暴行。
远东国际军事法庭陪席检察官 诺兰：约翰·马吉说，南京被占领之后，强暴每天都在发生。男人、女人乃至孩子都被屠杀，如果女人反抗或恳求，或者女人的丈夫想出手阻止，就会被杀死。
来自中国的检察官向哲濬及其顾问团队还找到一份美国使馆人员的报告，里面写道：“根据外国目击者向我们讲述的情况，这些士兵，肆意践踏这座城市。城中不计其数的男人、女人和孩子遭到杀害。我们看到有平民毫无明显理由就被枪杀或刺死。”
在南京大屠杀期间从事救济工作的中国证人、南京国际救济委员会成员许传音在出庭作证中讲述了他在日军入城三天后看到的场景：“尸体随处可见，有些残缺不全，惨不忍睹。有的尸体保持着遇害时的姿势……这一切都表明是日军所为，而且就在那时，我还亲眼看到几名日本兵正在行凶。”他提供的一家慈善机构掩埋了4万多具尸体的证言也被法庭采信，成为给松井石根等主犯定罪的一个重要依据。
除了中外人士的证言，一些外国媒体对南京大屠杀的报道，也成为有力的佐证。
1937年12月18日，美国《纽约时报》头版刊登了该报记者从南京发回的报道。报道详细描述了记者目睹的日军暴行，并首次使用了“南京大屠杀”的字样。
在铁一般的证据面前，远东国际军事法庭最终认定松井石根作为日军高级军官，纵容部下实施暴行，罪名成立。
远东国际军事法庭庭长 韦伯：被告松井石根，远东国际军事法庭判处你绞刑。
而在被判绞刑的7名甲级战犯中，所列罪行涉及南京大屠杀的有三人。
总台记者 刘飞飞：除了将这些罪大恶极的战犯绳之以法，更重要的是，东京审判以判决书的形式将南京大屠杀载入了史册。
然而，战败投降80年来，日本右翼势力从未停止对东京审判的否定与翻案，刻意放大东京大轰炸、广岛长崎原子弹爆炸等所谓“日本受害历史”，却对南京大屠杀与“慰安妇”制度受害者的悲惨遭遇绝口不提。一些历史教科书更是刻意淡化、否定甚至美化日本侵略历史。而欧美国家，出于冷战的需要，更是将他们曾亲自参与的东京审判推入了历史的故纸堆。
日本历史学者 笠原十九司：南京大屠杀就是事实，事实要被好好记录下来。日本在反省战争时隐瞒事实，不说出事实，社会就会变了味。再继续下去的话，日本就会再次发动战争，再次犯下错误。